Participan del Programa como organismos subejecutores, encargados del desarrollo de algunas áreas de acción específicas: INDAP, CONAF, Ministerio de Salud con su Programa Especial de Salud de Pueblos Indígenas (PESPI) y el Ministerio de Educación con su Programa de Educación Intercultural Bilingüe (PEIB).

www.indap.cl
Instituto de Desarrollo Agropecuario. Organismo dependiente del Ministerio de Agricultura. Memorias, documentos, servicios y sitios de interés.
www.conaf.cl
Corporación Nacional Forestal Organismo dependiente del ministerio de agricultura de Chile con el rol de administrar la política forestal de Chile y fomentar el desarrollo del sector.
www.pespissmc.cl/
Programa de Salud y Pueblos Indígenas (PESPI)
www.peib.cl/
Programa de Educación Intercultural Bilingüe